Современные исследования клинических нарушений у детей младшего школьного возраста часто обозначают трудности ранней идентификации пограничных клинико-психологических нарушений, особенно в массовом формате. Эмоциональные и поведенческие нарушения поведения учащихся и нарушения учебной мотивации часто встречаются вместе в практике клинической и педагогической психологии. Целью данного исследования было обоснование связи между уровнем учебной мотивации и встречаемостью клинико-психологических нарушений у учащихся начальных классов средних общеобразовательных школ. В исследовании приняли участие учащиеся 1-4-х классов школ Нижнего Новгорода и других городов Нижегородской области (всего 16 школ) в возрасте от 7 до 10 лет в количестве 1 203 человек. Уровень выраженности учебной мотивации учащихся оценивался с помощью специально разработанного родительского интервью. Уровень риска и выраженности клинико-психологических нарушений учащихся был изучен при помощи скрининговой экспертной диагностики учащихся их родителями с применением Вандербильтского оценочного теста (VADRS) M.L. Wolraich и соавт. (1994) и теста «Опросник успехов и трудностей» (SDQ) R.N. Goodman (2006). Анализ взаимосвязи уровня учебной мотивации и выраженности эмоциональных и поведенческих нарушений поведения учащихся показал высокую степень корреляции всех типов диагностируемых нарушений. Описание групп учащихся с высоким, средним и низким уровнями учебной мотивации позволило установить достоверные различия в уровнях выраженности эмоциональных и поведенческих нарушений у школьников, входящих в эти группы. Результаты исследования доказывают, что низкий уровень (или снижение уровня) учебной мотивации у учащихся начальных классов может рассматриваться как важный дополнительный маркер наличия или формирования у этих учащихся клинико-психологических нарушений. Данное положение имеет ценность для дальнейшего развития процедур раннего выявления учащихся с пограничными психическими нарушениями и организации прикладных психолого-коррекционных вмешательств для учащихся начальных классов.