В статье рассматривается вопрос организационного механизма финансирования системы высшего образования в России с целью выявления его ключевых проблем. В рамках исследования производится структурный анализ статистических данных Министерства науки и высшего образования РФ и анализ временных рядов, что позволяет определить современные тенденции и проблемы, затормаживающие совершенствование системы высшего образования и повышение качества подготовки обучающихся. В частности, описан механизм формирования государственного задания с учётом взаимодействия между образовательными организациями, региональными органами власти и Минобрнауки России. На основе зарубежного опыта предложены подходы к модернизации схемы финансирования. Предложенные решения могут стать основой для совершенствования финансового механизма в российской системе высшего образования.